云天宗拥有数万人，这就是一个大杂烩，要管理好这么多人，可不是一件简单的事儿。
为此云天宗便设置了七大机构。
问道院，天剑院，药庐院，灵海院，仙尘院，幻真院与风隐阁。
前面六院被称为云天六院，各自管理一摊事务，每一院设首席长老一名，长老执事十几人到几十人不等。
比如问道院，被称为云天六院之首，主要职责便是对宗门所有弟子登记造册，定期派遣长老传授外门弟子一些真法，定期考核每个弟子与长老的修为进度，甚至还监管云天宗门规刑律，对犯错弟子有惩处之权，这些是实权中的实权，最近三百年来，一直被玉阳子把持。
天剑院，掌握着全宗上下的法器，月俸，丹药，符箓等一切修炼资源的分配，等同于朝廷的户部，油水极大，多年来一直被玉符道人掌控着。
药庐院，就像他的名字一样，主要是炼丹制药，云天宗人数众多，每个月消耗的各种灵丹妙药都是天文数字，而这些丹药几乎都是药庐院的弟子炼制的。
灵海院负责的内容比较杂，比如宗门内几万弟子日常所需要的柴米油盐，宗门内灵兽的饲养，药圃的种植，还管理着数量庞大的外门杂役弟子，如今灵海院的首席大长老是隐沧海。
仙尘院主要负责云天下在凡尘中的产业，不仅只有生意，还有一些依附在云天宗的附属门派，修真家族，散修洞府等等，如今的首席大长老是左天鸿。
幻真院主要是制作符箓，研究法阵结界之类的，算是六院中最没存在感的，如今的首席大长老是玄清道人，这也是云天六院中，唯一一个玄字辈师叔祖担任首席大长老，其他五院皆是玉字辈的长老担任。
在六院之外，云天宗内部还有一个非常特别的机构。
风隐阁！